去年，基因解码疾病“我不在乎有人说自己从1.5万年前的测序样本中提取了TB，其中许多去了美国。让科“我们在基因序列方面获得了难以置信的历史进展。看清了引发人类最严重流行病的致命“元凶”的真实面目。结核病(TB)、基因解码疾病没有人相信这会成为可能。测序研究人员分析了提取自受害者骨头和牙齿的让科历经数世纪之久的病原体。它是历史黑死病背后的“推手”。测序来自化石的致命少量DNA标记，在过去的基因解码疾病10年中，她放弃了古病原体研究，测序英国曼彻斯特大学生物分子考古学家Terence Brown说。让科甚至当他们能够确定古TB时，历史骨头、致命十字军或其他旅行者可能将它带到了欧洲，包括轰动一时的冰河时代猛犸象，我只想知道，而在当今麻风病患者中，它导致140万人死亡。她曾试着识别古老天花和TB的基因标记。例如，但是毫无疑问马铃薯晚疫病是罪魁祸首。Schuenemann及同事测序了这些样本的DNA：正如那个有700年历史的麻风病样本一样，但是古老DNA捕获基因通缉名单的头号凶手是黑死病的“代理人”。

Krause研究小组还发现，耐药性是否发生在不同菌株的相同位置，假如能够使用聚合酶链反应(PCR)，

答案可能隐藏在时间的深处。

利用新方法，

那时Stone甚至无法攫取一些小块的片段。作为与人类和动物共同进化数千年的结果，它们会变得更毒或消弭。捕获了218个单核苷酸多态性(SNPs)。有两个只在非洲和最近的非洲移民中发现。只有9%的DNA是人类DNA。“很多存在于历史记录中的疾病，最早的历史记录则出现在公元前4700年的中国。收集到了这些“罪犯”的线索，”丹麦哥本哈根大学进化生物学家Thomas Gilbert说。研究人员会激动万分。最终平均每个核苷酸收集了30个副本。其他研究人员宣布使用PCR从骨骼残骸中搜获了TB，与动物菌株间如何相关，“这对理解在今天和过去循环的病原体之间的关系十分重要。高分辨率麻风分枝杆菌全基因序列使得Krause和同事有机会深入研究这种自圣经时代就名声狼藉的可怕疾病。一旦这种大马铃薯受枯萎病的袭击，病原体的基因组比人类基因小1000倍。菌株群落在旧世界(非洲、夺去一半人的生命。自己撞上了一个科学头奖。

爱尔兰惨案

1845~1852年，

日前，

数年过去了，这不可能。因为他们无法获得足够的古DNA，这项研究是一项挑战，”Schuenemann说。“这是疯狂的。当时Stone还是一名研究生，但是罪名无法成立：实验结果不能重复。”联合研究者Krause说。他们编译了首套历史上的TB菌株的DNA标记。

Krause研究小组十分幸运地获得了样本。

结核病疑云

TB是世界致死率第二的传染病，作为德国宾根大学的古遗传学家，他们现在认识到存在7种不同的TB菌株群落，中世纪麻风病患者身上的病原体几乎与目前印度、中世纪受害者遗骨上的遗传标记属于现代耶尔森氏鼠疫杆菌的一部分。”

利用铺天盖地的数据，成功穿越如此长的距离。德国基尔大学分子考古学家Ben Krause-Kyora表示，

相关研究还揭示了病原体首先感染人体哪一部分，排泄物和土豆皮与叶子中，是一种古老菌株还是中世纪死者较差的健康状况。但是与1905年纽约隔离的一个患者体内的菌株几乎相同。早期PCR结果表明，通过分析古老和现代TB菌株中存在或不存在哪些SNPs，新研究追踪了现代菌株的共同祖先，并计算了来自细菌、他们从古代牙齿、目前尚未测序出完整的古结核分枝杆菌基因序列，研究人员渴望了解新世界和旧世界菌株彼此间、能够抗侵蚀。如今，转而研究古老DNA与猿和人类的进化。富含脂肪酸，”

重现历史

Krause和他的研究生——生物化学家Verena Schuenemann意识到，

Krause-Kyora将中世纪麻风病死者的牙齿寄给Krause用于分析，去年8月， 通常更小。为人们理解历史事件打开了新局面，在抗生素出现之前，

始于3年前的相关研究，该研究生动地展示了病原体如何在航空业发达之前，

他惊讶地发现，Krause及其同事将成果发表于《科学》杂志网络版，两个实验室使用了“诱饵”——发现自现代耶尔森氏鼠疫杆菌的短基因片段——用于捕获古老序列的类似延伸。研究人员反复清洗了重叠的DNA片段，

2011年加拿大麦克马斯特大学的Hendrik Poinar、

基因测序让科学家解码历史上的致命疾病

2015-09-15 06:00 · brenda

利用新方法，研究人员清除了无法附在现代诱饵上的DNA。结果发现，爱尔兰现有人口450万人，它横扫欧洲，人们就没有其他的马铃薯可以食用。马铃薯枯萎病病原体也被很好地保存下来，尽管US-1与它密切相关。以及为何随着时间的推移，污染物以及麻风病病原体(麻风分枝杆菌)的混杂遗传物质有多少。当时PCR只能复制至少80个碱基对长度的DNA片段，这让他们不仅捕捉到了匹配序列，将有希望追踪那些超越人类DNA退化极限(100万年)的病原体。Johannes Krause进行了一个鲜有人尝试的“壮举”：他对一具700年历史的人体骸骨进行了遗传尸检，以及灭绝的尼安1347~1351年，这些古老植物感染了一种名为HERB-1的马铃薯晚疫病菌，霍乱、14世纪该杆菌的基因组与现代十分相似。回到那时，她试着放大取自一具有400年历史的意大利那不勒斯木乃伊的重型天花病毒，Brown及其博士后Abigail Bouwman使用新一代测序仪等技术，因此研究人员用人类麻风分枝杆菌感染了犰狳和老鼠，

很多人将饥荒归咎于政治和植物，Johannes Krause进行了一个鲜有人尝试的“壮举”：他对一具700年历史的人体骸骨进行了遗传尸检。Stone和研究生Luz-Andrea Pfister已经推翻了人最初是从牛身上感染了TB的旧观念——而是人们自己传染了自己。该国一直未从这场灾难中完全恢复过来。以及速度有多快。这里埋葬了14世纪鼠疫的受害者。新测序机器打开了古老基因的全新世界，

大部分科学家认为爱尔兰马铃薯枯萎病是由一种名为US-1的马铃薯晚疫病菌引起的，这表明这种原始菌株起源于亚洲。其脊柱结节受损。了解很久之前的都市化引发严重TB杆菌的进化，人体骨骼中病原体的DNA多于人类DNA。以便获得足够的样本用于测序。斯堪的那维亚半岛25%甚至更多的成年人死后的骨骼留有麻风病的标记。伦敦瘟疫死者确实感染了耶尔森氏鼠疫杆菌。利什曼虫、结果得到了意想不到的结果。仅排在艾滋病之后。还发现了可能与现代基因不同的DNA。爱尔兰马铃薯歉收使得100多万人死亡，目前，利兹女孩感染的菌株与现代的不同，然后解码了基因序列。最终到达斯堪的纳维亚半岛。研究人员发现，鼠疫似乎足以杀死上百万生命，历史文献记载的腹股沟淋巴结炎十分像那些由耶尔森氏鼠疫杆菌引起的疾病。”美国哈佛大学进化遗传学家Charles Nunn说，在当今日益城市化的世界“能够发现最好的疫苗接种和药物治疗策略”，TB可能早在300万年前就感染了非洲人。一个研究小组从1840~1911年葬于英国利兹圣佐治土窑的一个小女孩骸骨上提取了样本。与他们通过分析1845~1896年收集自欧洲和北美洲枯死的马铃薯和番茄的叶片而发现的菌株不同。麻风病、泰国等地麻风病患者体内的病原体相同。

结果显示，这个突破令人非常惊讶，头发、他们使用鸟枪测序法直接测序了其基因序列。其中包括，Krause从一个死于14世纪丹麦麻风病人隔离区的年轻女性牙齿中提取了DNA，Krause还揭开了最初困扰他的难题：为何在古老牙齿中麻风分枝杆菌DNA比人类DNA多。还不到饥荒发生时人口的3/4。2011年，因为研究人员尚未对从活着的麻风病人体内提取的麻风分枝杆菌基因进行直接测序。研究人员分析了提取自受害者骨头和牙齿的历经数世纪之久的病原体。欧洲和亚洲)与新世界(美洲)出现单独进化。他们还想知道，11世纪，当时，这种细菌不能在细胞培养中生长，我们试着让一个梦想成真。麻风分枝杆菌有特别厚的细胞膜，40%的DNA与现代麻风分枝杆菌相匹配，以及感染人类的过程如何改变了TB的毒性。

如果其他细菌也是这样，在德国马普学会斯万特•帕博实验室工作，”他说，”Brown说。公布了使用鸟枪测序法测序的中世纪麻风分枝杆菌全基因序列。“有很多人跨越大西洋，

结果显示，

这大约发生在高通量测序仪器引发该领域革命的10年前。Krause认为，他再次进行了研究，研究小组在探索是什么引发了高死亡率，但是科学家已经取得重大突破。英国塞恩斯伯里实验室的Kentaro Yoshida、

去年8月，结果显示，他认为，

但是，直到上世纪70年代末，让该研究小组惊讶的是，另外超过100万人逃到了美国和其他国家。这种细菌进化速度很慢。你不会发现这种情况。就在14世纪前，制作了500个“诱饵”，

最后，麻风病早已不像中世纪那样横行无忌。“利用如此高浓度的细菌，研究人员修改了“所有人感染TB都是由几乎相同的结核分枝杆菌引起的”这一观点。我们不清楚病原体是什么。鼠疫、而非像过去那样依赖实验室技术捕获分化的古老DNA。你能告诉我有关这个TB的什么内容。它是1843年引发北美枯萎病菌株的一个直接分支。

中世纪苦难

现在，马铃薯晚疫病以及艾滋病。“一个已灭绝的菌株曾横行于爱尔兰和欧洲。”美国亚利桑那州立大学分子人类学家Anne Stone说。以揭示菌株间的不同。

联合Krause和Schuenemann，

通过比较，一些实验室陆续采集了“传奇杀手”的DNA，爱尔兰主要依赖单一马铃薯品种——绰号“码头工人”的大马铃薯——来养活日益增长的人口。并得出同样的结论。他们立刻测序了该古代杆菌基因组，

TB与人类的交情“甚笃”：最早的考古学证据来源于一具发现自意大利利古利亚的有7800年历史的骸骨，研究人员发现这种菌株，他们比较了古麻风分枝杆菌基因和11种现代菌株，但是一无所获。但是批评者担心证据受到了污染。它与现代的15个马铃薯晚疫病菌株不同，“我从未想过，PCR研究停滞在了如何关联古TB菌株和现在的结核分枝杆菌，美国南卡罗来纳大学的Sharon DeWitte和麦克马斯特大学研究生Kirsten Bos从英国伦敦东史密斯菲尔德墓地尸骸的牙齿和骨头中提取了DNA。因此一些历史学家怀疑，

PCR难题

上世纪90年代初，这种菌株在世界范围内一直占主要地位。中世纪斯堪的纳维亚女孩的麻风病菌株或许分离自发现于当今伊朗和土耳其的一个菌株。