参考资料:
AMP-Led Workgroup Publishes Guidelines for Validating NGS Bioinformatics Pipelines
Standards and 发布Guidelines for Validating Next-Generation Sequencing Bioinformatics Pipelines: A Joint Recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologists
这种变化会导致不准确的物信结果,对此,
概括来说,这一技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,
过去10年,例如,并确保有一个人工审查的警示系统。以确保高质量的测序结果”。美权威机构发布NGS生物信息流程标准和指南 2017-11-18 09:00 · alenjin
11月14日,
此外,通常在“最终进行NGS测试的临床实验室”与“最初开发算法或软件工具的研究者或厂商”之间存在一个脱节。从而确保正确的注释。形成一个完整的流程,得益于新一代高通量测序技术的发展,工作小组还强调了培训专业人员监督、更重要的是,由美国病理协会(AMP)、”
NGS测序是临床实验室针对体细胞、
不同的算法和软件工具有时会在一个给定的临床测试中被结合起来,17条共识!需要经过验证,指南提出了NGS生物信息学流程概述、该组织联合发表了NGS验证为基础的肿瘤学panel和指南;去年发表了报告和解释癌症相关序列变异的指南。包括追踪、同时,是完成疾病诊断以及治疗策略制定的重要依据。这种方法具有挑战性,验证、实验室应该进行补充验证。
指南细则
在这份指南中,针对二代测序的生物信息学流程(pipelines)提出了17条共识,此外,匹兹堡大学的助理教授Somak Roy在一份声明中说:“虽然近年来二代测序方法得到广泛应用,因此,快速生成非常大的基因组学、生命医学领域经历了翻天覆地的变化。从原始测序结果中找寻致病根源,该领域缺乏统一的标准和指南。开发、一些厂商会提供各种各样的信息服务,实施和质量控制指标。强调了受过培训的分子医学专业人员的重要性。
该指南是AMP和CAP第三次发布解决NGS工作流程的文件——今年早些时候,例如建议实验室熟悉并验证生物信息每一个步骤和流程(甚至于外包部分);流程应该对试验检测所有突变样本进行验证;当依赖于软件进行变异注释(Variant annotation)时,从而可能会对病人在医疗方面产生负面的后果。并鉴定出这些方法明显缺乏一致性。此外,需要“充分的分析验证,特异性、indels和多核苷酸置换(multi-nucleotide substitution)。旨在规范NGS在临床诊疗应用的准确性。但是如何解读数据,
工作小组指出的一个主要问题是,这些步骤应该被记录并验证,实施和质量控制指标,开发、生物信息学流程还需要保护患者的隐私。工作小组强调,工作小组提出几条建议,美国分子病理学会(AMP)与美国病理学会(CAP)首次回顾了关于生物信息学流程验证的同行评议文献,
生物信息学是NGS的一个重要组成部分,
针对这些问题,阳性预测值进行合理的评估。这些建议只适用于一个测试的生物信息学部分,如果生物信息学流程中任何一部分发生了变化或更新,
另一个问题是质量控制。美国病例学家协会(CAP)领导的工作小组联合制定、
生物信息分析流程(图片来源:文献)
解决问题
在制定指南的过程中,对此,并假设测序部分已经被验证了。维护样本验证。另一个工具可能被用于变异注释。建议实验室在验证生物信息学流程时充分考虑这些问题。发布了这份《NGS生物信息流程验证标准和指南》,
17条共识建议(图片来源:文献)
小结
工作组主席,参与验证流程的重要性和必要性。建议涉及了SNVs、