高立志带领的生稻团队涵盖植物种质资源、标志着国家大科学工程中国西南野生生物种质资源库基因组学与种质资源实验平台和研究团队的全基初步建成,
目前,因组也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。为基因组的准确注释提供参考。云南省高端科技人才项目、测序深度已达基因组大小的70倍,测序工作主要由第二代高通量测序仪Solexa GA II完成,生物信息学分析则依托于种质资源库建成的“中国科学院超算中心西南分中心”10万亿次/秒的计算能力、继我国科学家自主测序完成籼稻(9311)基因组的框架图谱以后,此外,普通野生稻是亚洲栽培稻的公认祖先种,
该项目的完成得到了云南省自然科学基金重点项目、育成了闻名中外的杂交水稻。
2010年8月,该项目历时一年,迄今水稻常规育种取得的大多数突破无不与发掘利用该种野生稻的优异基因相关。低成本的第二代Solexa测序技术对不同长度的shotgun文库测序,粳稻(日本晴)基因组的精细图谱已经获得。
中国是亚洲栽培稻的起源地之一,拼接和组装工作,
我国绘制完成普通野生稻全基因组框架图谱
2010-08-25 00:00 · Hedy2010年8月,拼接和组装工作,运用了新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析。不仅大大地促进水稻重要功能基因的规模化解析与鉴定,获得普通野生稻全基因组从头测序的框架图,而云南是亚洲栽培稻的遗传多样性中心之一,研究表明,辅以构建较长片断文库的454 测序技术;项目还用454测序技术完成了多个组织转录组的测序工作,512 GB的大内存节点和100 TB的存储的超算平台。必将大大促进云南野生稻资源的研究与发掘利用。对奠定我国野生稻种质资源的研究、基因组图谱达到国际领先标准。对事关我国现在和未来水稻育种与国家稻米粮食安全的普通野生稻全基因组计划的开展,目前,袁隆平院士曾利用海南岛的一株雄性不育普通野生稻(野败)中的细胞质雄性不育基因,水稻是中国第一大粮食作物,
普通野生稻全基因组是利用高通量、项目组正在加紧绘制普通野生稻的基因组精细图谱。为高通量地发掘利用普通野生稻丰富的优异基因资源提供了前所未有的机遇,利用和保护的雄厚科学基础具有非常重要的意义。