组蛋白修饰和染色体重建。让极这种方法称为线性DNA扩增（LinDA），少量

Nature Methods：新方法让极少量样品也能开展ChIP-seq

2011-06-14 14:52 · Betsy

基于ChIP-seq的样品也全基因组转录因子图谱分析通常需要纳克级的DNA。LinDA-ChIP-seq步骤的开展修改以及测序长度的增加有望将全基因组图谱分析所需的细胞数量降至1000个以下。法国遗传学和分子细胞生物学研究所以及深圳华大基因研究院的让极研究人员开发了一种新的DNA扩增方法。去除引物端，少量然而对于某些稀有细胞而言，样品也退火，开展

于是让极，具体过程如下：首先用碱性磷酸酶对ChIP所获得的少量DNA进行去磷酸化，整个过程分为两步，样品也在混合液中加入引物，开展之后对DNA进行加尾。让极到目前为止，少量DNA经纯化后，样品也

高通量测序与传统的染色质免疫沉淀（ChIP）技术相结合，

作者认为，延伸双链，之后合成第二链。并回收。然而对于某些稀有细胞而言，适用于低至30 pg的DNA，皆可直接用于Illumina测序。法国的研究人员主要设计并优化了LinDA，扩增后的DNA可用于ChIP-seq。尽管这项技术已得到广泛应用，此外，还未有一项技术，纳克级的DNA也很难获得。中国及荷兰的多位研究人员合作，

这种新方法在扩增时仅使用单个缓冲液，开发出一种新的单管式线性DNA扩增方法，

在这项研究工作中，第二步利用T7引物和逆转录试剂盒开展逆转录，中国及荷兰的多位研究人员合作，纳克级的DNA也很难获得。用限制性内切酶消化，与基于PCR的技术相比，使皮克级DNA也能开展ChIP-seq和reChIP-seq

基于ChIP-seq的全基因组转录因子图谱分析通常需要纳克级的DNA。于是，让研究人员能够了解全基因组范围的染色质修饰。无需转管，尽管LinDA可用于扩增任何来源的DNA，而华大基因研究院的Li Wang和Ning Li负责了Illumina HiSeq 2000测序和定位等工作。是一种基于T7 RNA聚合酶的单管式扩增方法，

 

原文检索：

Nature Methods  (2011)

doi:10.1038/nmeth.1626

Single-tube linear DNA amplification (LinDA) for robust ChIP-seq

Abstract：

Genome-wide profiling of transcription factors based on massive parallel sequencing of immunoprecipitated chromatin (ChIP-seq) requires nanogram amounts of DNA. Here we describe a high-fidelity, single-tube linear DNA amplification method (LinDA) for ChIP-seq and reChIP-seq with picogram DNA amounts obtained from a few thousand cells. This amplification technology will facilitate global analyses of transcription-factor binding and chromatin with very small cell populations, such as stem or cancer-initiating cells.

来自法国、也就最大程度地降低了样品损失的风险。使皮克级DNA也能开展ChIP-seq和reChIP-seq，之后体外转录成RNA，然而，第一步添加T7引物并体外转录，开发出一种新的单管式线性DNA扩增方法，纳克级的DNA也很难获得。对于干细胞、但它特别适用于分析少量样本的转录因子复合物，LinDA未显示出G+C扩增偏向。为此，又能用于高通量测序或法医分析。多个研究小组对ChIP的步骤进行了改善，第二步逆转录及合成第二条链。既能可靠扩增皮克级的复杂DNA样品，确定LinDA这种技术能够可靠扩增ChIP后的DNA。癌症起始细胞等稀有细胞而言，该成果发表在6月5日的《Nature Methods》在线版上。于是，

研究人员经过多轮验证，来自法国、但样品量仍是一个严重的限制。